Eugene Merle Shoemaker (28 Nisan 1928 - 18 Temmuz 1997), Amerikalı jeologdur. Comet Shoemaker-Levy 9'u eşi Carolyn S. Shoemaker ve David H. Levy ile birlikte keşfetti. Bu kuyruklu yıldız Temmuz 1994'te Jüpiter'e çarptı: çarpma tüm dünyada televizyondan yayınlandı. Shoemaker ayrıca Arizona'daki Barringer Meteor Krateri gibi karasal kraterleri de inceledi ve Edward Chao ile birlikte bunun bir çarpma krateri olarak kökenine dair ilk kesin kanıtı sağladı. Ayrıca Amerika Birleşik Devletleri Jeoloji Araştırması'nın Astrojeoloji Araştırma Programı'nın ilk direktörüydü.
Avustralya'daki bir çarpma kraterini ziyaret ederken geçirdiği bir araba kazasında hayatını kaybetti. Ölümünden sonra küllerinin bir kısmı Lunar Prospector göreviyle Ay'a taşındı.