John Stewart Waugh (25 Nisan 1929 – 22 Ağustos 2014), Massachusetts Teknoloji Enstitüsü'nden Amerikalı kimyager ve enstitü profesörüydü. Ortalama hamilton teorisini geliştirmesi ve daha önce sıvılarla sınırlı olan NMR spektroskopisini katı hale genişletmek için kullanması ile tanınmaktadır. Nükleer manyetik rezonansın (NMR) dinamiklerinin ve spektrumlarının ücretsiz genel amaçlı Windows tabanlı simülatörü olan ANTIOPE'nin yazarıdır. Ayrıca, izole sistemlerde denge ve ergodisite için genel gereklilikleri göstermek için birkaç bağlı spin sistemlerini kullanmıştır.
1974 yılında Waugh Ulusal Bilimler Akademisi'ne (NAS) kimya bölümünden üye olarak seçildi.
Waugh, NMR spektroskopisi üzerindeki bağımsız çalışmaları nedeniyle Herbert S. Gutowsky ve Harden M. McConnell ile 1983/84 Wolf Kimya Ödülü'nü kazandı. Waugh'a "katılarda yüksek çözünürlüklü nükleer manyetik rezonans spektroskopisine temel teorik ve deneysel katkıları" nedeniyle atıfta bulundu. 22 Ağustos 2014'te öldü.