Shinya Yamanaka (4 Eylül 1962, Higashiosaka, Osaka, Japonya), Nobel Ödüllü Japon kök hücre araştırmacısı. Uluslararası Kök Hücre Araştırmaları Derneği (ISSCR) Başkanı ve Kyoto Üniversitesi Frontier Tıp Bilimleri Enstitüsü'nde profesördür. Shinya Yamanaka, Rudolf Jaenisch ile 2011 yılında İç Hastalıkları Wolf Ödülünü aldı. 2012 Nobel Fizyoloji ve Tıp Ödülünü bir diğer bilim insanı John B. Gurdon ile paylaşmıştır.